Die Labordatenbank-Datenbankstruktur ist maßgeschneidert und genau an die Aufgabenstellung im Labor angelehnt. Proben befinden sich in der Tabelle samples, Aufträge in orders, Kunden in customers, Mitarbeiter in employees usw. Diese einfach nachvollziehbare Struktur, spiegelt sich auch in den URLs innerhalb der Labordatenbank wieder. Die Proben findet man unter ../samples die Proben, unter ../orders die Aufträge, und unter ../customers die Kunden.

Die Labordatenbank verwendet eine relationale Datenbankstruktur, bei der Tabellen durch eindeutige IDs miteinander verknüpft sind. Die Labordatenbank basiert auf folgender Datenstruktur:

• Ein Kunde hat n Kontakte und n Aufträge (n = 0, 1 oder mehrere).
• Ein Auftrag gehört zu einem Kunden, hat n Proben und n Berichte.
• Eine Probe gehört zu einem Auftrag, hat eine Spezifikation / Prüfplan und n Parameter.
• Ein Bericht gehört zu einem Auftrag und hat n Proben.
• Eine Spezifikation / Prüfplan hat n Sollwerte die jeweils für einen Parameter gelten.
• Ein Parameter kommt in n Proben vor, hat n Sollwerte und gehört zu einer Parametergruppe.
• Eine Parametergruppe hat n Parameter.

Das Diagramm zeigt eine vereinfachte Darstellung der Labordatenbank-Datenstruktur. Elemente wie Mitarbeiter, Prüfmittel, Zugriffsrechte, Angebote, Rechnungen usw. wurden zur Vereinfachung ausgeblendet.

Andere Anbieter von Labor Informations- und Managementsystemen verwenden oft Metatabellen. Dies sind Tabellen, in denen steht, was die Tabellen bedeuten. Somit gibt es keine Tabelle samples, sondern es gibt vielleicht eine Tabelle „data“ die mit einer Schematabelle verknüpft ist, in der es wiederum einen Eintrag „samples“ dazu gibt. Diese Struktur ist flexibler, aber komplexer und verhindert ein direktes Arbeiten mit den Tabellen, wie es für Auswertungen in Laboren Gang und Gebe ist.